Die Nasennebenhöhlen können überwiegend ebenfalls von endonasal (durch die Nasenlöcher) operiert werden. In wenigen Fällen sind andere Zugangswege bspw. den Mundvorhof oder einen Augenbrauenschnitt notwendig. Ziel der modernen Nasennebenhöhlenchirurgie ist, die natürlichen Ausführungsgänge der Nebenhöhlen zur Nasenhaupthöhle zu erweitern und damit den Abtransport des sich natürlich bildenden Sekretes aus den Nebenhöhlen über die Nase nach hinten in den Rachen zu verbessern. Gegebenenfalls werden auch Schleimhautpolypen oder Zysten, welche in den Nebenhöhlen meist ihren Ursprung haben und bis in die Nasenhaupthöhle einwachsen können entfernt. Wegen der Nähe zum Auge und Gehirn ist zur besseren anatomischen Orientierung und Operationsplanung vor der OP eine Computertomografie des Nasennebenhöhlensystems erforderlich.
Zur Blutstillung werden in der Regel Nasentamponaden (Rhinotamp) am Ende der OP eingelegt. In den Tagen nach der OP entfernt der HNO-Arzt diese Tamponaden wieder.
Im Normalfall wird man am vierten Tag nach Scheidewand- und Muscheloperation und am fünften Tag nach Nasennebenhöhlenoperation nach Hause entlassen und ist ca. 14 weitere Tage (je nach Arbeitsbelastung) arbeitsunfähig.