Im Prinzip handelt es sich wie beim EEG um eine Messung von Hirnströmen. Die Klebeelektroden werden beiderseits hinter dem Ohr sowie die Neutralelektrode auf der Stirn befestigt. Als Reiz werden kurze konstante Tongemische, sogenannte Clicks in kurzer, regelmäßiger Folge (z. B. 20 clocks pro Sekunde) über Kopfhörer dem Ohr zugeführt. Nach Erregung der Nervenzellen im Innenohr wird ein Nervenimpuls über die Gehörnervenbahnen zum Gehirn geleitet. Bei konstantem Reiz ist auch diese Reizantwort konstant.
Werden viele Hirnstromkurven zu aufeinanderfolgenden Zeitpunkten gemessen und addiert, löschen sich diese Zufallskurven rechnerisch aus, da Berge und Täler der Kurven übereinander zu liegen kommen. Die durch konstante Reize ausgelöste ebenfalls konstante Antwortkurve am Hörnerven wird bei Addition dagegen immer größer und kann dadurch aus den übrigen Hirnstromwellen herausgerechnet und sichtbar gemacht werden.
Wir können mit unserer Technik die Impulse der Hörnervenbahnen bis in den mittleren Hirnstamm hinein verfolgen und registrieren 5 Wellen. Sind deren Abstände verlängert kann das auf einen Tumor am Hörnerven (Akustikusneurinom/Kleinhirnbrückenwinkeltumor) hinweisen.
Ein weiteres Anwendungsgebiet ist das Neugeborenenhörscreening und das Begutachtungswesen, da Hörschwellen objektiv, also ohne Mitarbeit des Patienten ermittelt werden können. Bei Kindern muss die BERA gelegentlich in Narkose erfolgen, damit störende Hirnstromwellen durch Bewegungen und Muskelimpulse minimiert werden.